Lo Story Mode di NARUTO X BORUTO Ultimate Ninja STORM CONNECTIONS arriva con una storia originale, centrata su Boruto, pensata esclusivamente per il gioco. L’arco introduce nuove personaggi disegnati e sviluppati per questo titolo.
La trama è ambientata durante gli eventi di BORUTO, quando il mondo ninja è in pace, con Naruto come Hokage. Boruto scopre un popolare gioco online, “Ninja Heroes”, e incontra Nanashi, un giocatore. Nel frattempo qualcosa di inusuale accade nel mondo reale e la Quinta Guerra Mondiale dei Ninja minaccia di scoppiare. Mentre il mondo ninja è precipitato nel caos, Boruto realizza che un uomo misterioso, Merz, sta cercando di iniziare la guerra.