Sonic e Knuckles erano acerrimi avversari in Sonic 3, ma in questo gioco di piattaforme Knucles capisce di essere stato solo una pedina dei piani del Dr. Eggman (noto anche come Dr. Robotnik). Da nemici ufficiali ad alleati, Sonic e Knuckles devono usare le rispettive potenzialità per entrare in possesso dell'impagabile Master Emerald e salvare Angel Island.